Program studi (Prodi) Matematika FMIPA UNISBA didirikan pada tahun 1982 dan telah menghasilkan sekitar 400 lulusan, yang pada umumnya berkiprah di dunia industri, jasa, pendidikan dan penelitian. Mulai tahun 2013 Prodi Matematika FMIPA UNISBA telah melaksanakan kurikulum baru yaitu kurikulum berbasis kompetensi yang telah diintegrasikan dengan kerangka Kualifikasi Nasional Indonesia (KKNI). Kurikulum ini mengintegrasikan penguasaan konsep Matematika dengan kemampuan praktis, yang ditunjang dengan jiwa enterpreneurship dan jiwa ke-Islaman yang kuat.
Tahun 2005 Prodi Matematika telah terakreditasi oleh Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT), dan pada tahun 2015 Prodi Matematika memperoleh Akreditasi B (Mandiri) dengan nilai yang semakin meningkat Tahun 2014, Prodi Matematika FMIPA UNISBA telah memperoleh sertifikat ISO 9001 untuk proses pembelajaran.
